구암서원은 달성 서씨의 문중서원이다. 조선 현종6년(1665)에 서침(徐沈) 선생의 덕을 기리기 위해 현 대구초등학교의 서남쪽 언덕인 연구산에 숭현사를 세우고 선생을 제향하였다.

숙종 44년(1718)년에 동산동 229번지로 이전하였으며 그 뒤 서거정, 서성, 서해 선생을 추가로 배향하였다. 정조2년(1778)에 서원 수계를 받고 1788년에 경례재, 누학재를 세워 서원의 모습을 갖추었다.

1868년 대원군의 서원 철폐령에 따라 훼철되었다가 1924년 유림에서 다시 세웠으며 1943년에 숭현사와 강당을 중수하였다. 그러나 주변 일대가 도시화 되는 등 달성서씨 문중에서 서원의 자리로 적합하지 않다고 판단하여 1996년에 북구 산격동 연암공원 내 현 위치로 다시 옮겨가게 되었다.

당시 서원 내에 있던 숭현사(대구광역시문화유산자료)와 묘정비 비각 등만 이전해 가고 출입문인 경앙문, 강당 및 제수청 건물은 그대로 최근까지 남아 있었으나 2024년에 모두 철거되었다.